IsoDOT Detects Differential RNA-Isoform Expression/Usage With Respect to a Categorical or Continuous Covariate With High Sensitivity and Specificity
IsoDOT：针对分类或连续协变量的 RNA 异构体差异表达与使用检验AI 解读 ↓
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IsoDOT：针对分类或连续协变量的 RNA 异构体差异表达与使用检验
- 研究问题
- 如何利用 RNA 测序数据检验异构体表达及相对使用比例的变化，并支持连续协变量或单个病例与对照的比较？
- 方法与思路
- 作者开发 IsoDOT，对异构体差异表达和给定基因总表达后的相对使用进行检验，并以模拟和小鼠转录组展示应用。
- 材料陈述的贡献
- 摘要称方法支持连续协变量及一病例一对照分析，模拟显示较高灵敏度与特异度，并发现对氟哌啶醇响应的基因。
- 阅读关注点
- 应核对差异表达与差异使用的检验目标、极小样本下的校准依据，以及测序噪声和多重检验的处理方法。
- 阅读边界
- 仅据版本未注明的 OpenAlex 索引摘要；具体统计模型、检验条件及数值结果未说明，单病例比较的适用边界仍需全文核对，也不能推断刊本变化。
原文摘要
We have developed a statistical method named IsoDOT to assess differential isoform expression (DIE) and differential isoform usage (DIU) using RNA-seq data. Here isoform usage refers to relative isoform expression given the total expression of the corresponding gene. IsoDOT performs two tasks that cannot be accomplished by existing methods: to test DIE/DIU with respect to a continuous covariate, and to test DIE/DIU for one case versus one control. The latter task is not an uncommon situation in practice, e.g., comparing the paternal and maternal alleles of one individual or comparing tumor and normal samples of one cancer patient. Simulation studies demonstrate the high sensitivity and specificity of IsoDOT. We apply IsoDOT to study the effects of haloperidol treatment on the mouse transcriptome and identify a group of genes whose isoform usages respond to haloperidol treatment.