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关注这篇论文的作者
M. Gomtsyan
C. Lévy-Leduc
S. Ouadah
L. Sansonnet
C. Bailly
L. Rajjou

稀疏多变量 GLARMA 模型的变量选择:环境对种子萌发调控的应用

研究问题
如何在多变量离散值时间序列的稀疏 GLARMA 模型中选择回归变量,并将其用于种子萌发相关的转录组数据分析?
方法与思路
作者提出两阶段迭代方案,交替估计多变量 GLARMA 的 ARMA 系数,并以正则化方法选择 GLM 部分的回归系数。
材料陈述的贡献
摘要称提供高效实现和 MultiGlarmaVarSel R 包,并在模拟及种子多核糖体分析数据中展示零与非零系数的恢复表现。
阅读关注点
应核对多变量之间的依赖结构、正则化与迭代的设置,以及 RNA-Seq 数据如何对应模型、比较方法如何评价变量恢复。
阅读边界
这是 arXiv 预印本,不能据此认定已同行评审或期刊接收;摘要未给出理论保证、实验细节或性能差异的具体数值。

原文摘要

We propose a novel and efficient iterative two-stage variable selection approach for multivariate sparse GLARMA models, which can be used for modelling multivariate discrete-valued time series. Our approach consists in iteratively combining two steps: the estimation of the autoregressive moving average (ARMA) coefficients of multivariate GLARMA models and the variable selection in the coefficients of the Generalized Linear Model (GLM) part of the model performed by regularized methods. We explain how to implement our approach efficiently. Then we assess the performance of our methodology using synthetic data and compare it with alternative methods. Finally, we illustrate it on RNA-Seq data resulting from polyribosome profiling to determine translational status for all mRNAs in germinating seeds. Our approach, which is implemented in the MultiGlarmaVarSel R package and available on the CRAN, is very attractive since it benefits from a low computational load and is able to outperform the other methods for recovering the null and non-null coefficients.

笔记与分组
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