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Sergio Bacallado
Vijay Pande
Stefano Favaro
Lorenzo Trippa

可逆序列记忆长度的贝叶斯正则化

研究问题
在生成机制具有可逆性的离散序列中,如何将这种结构信息纳入可变阶马尔可夫模型,同时处理记忆长度的不确定性?
方法与思路
作者提出针对可逆动力学的贝叶斯分析,将随历史变化的记忆长度不确定性纳入模型,并用于分子动力学模拟。
材料陈述的贡献
摘要称,所提模型结合可逆性信息与记忆长度不确定性,并在分子动力学应用中同若干常用算法进行比较。
阅读关注点
应核对可逆性的数学定义、记忆结构先验与后验计算方式,以及应用比较评价的是预测、结构恢复还是其他目标。
阅读边界
仅据所给Crossref摘要;先验、计算算法和比较结果未说明,不能据此声称预测更优或适用于一般非可逆序列。

原文摘要

Summary Variable order Markov chains have been used to model discrete sequential data in a variety of fields. A host of methods exist to estimate the history-dependent lengths of memory which characterize these models and to predict new sequences. In several applications, the data-generating mechanism is known to be reversible, but combining this information with the procedures mentioned is far from trivial. We introduce a Bayesian analysis for reversible dynamics, which takes into account uncertainty in the lengths of memory. The model proposed is applied to the analysis of molecular dynamics simulations and compared with several popular algorithms.

笔记与分组
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